《蹦蹦兔快跑》主角一行人马经历了南海港的事，智智龟决定带蹦蹦兔和猫小椰回到自己的家乡——东方城，继续调查希望凤凰的历史。
东方城是整个塔克大陆学者聚居的城市，这里收藏了大量的知识和资料，众人相信在这里，可以寻找到更多的线索。而对于久别家人的智智龟还有另一层的意义，那就是智智龟疼爱的妹妹——龟美美。龟美美因为意外而双目失明，智智龟就是为了让妹妹重获光明而出发去寻找希望凤凰的。这次回家，智智龟为了让龟美美开心，答应做龟美美的舞伴，一同参加舞会，却不料在舞会上遇到意外。危机之下，智智龟和自恋绅士蜂小浪一同救下了龟美美，并和蜂小浪成为了朋友。另外，调查希望凤凰一事得到了龟教授的帮助，智智龟众人得知，另一个与凤凰有关系的古老鹰族就在东方城的迷之森林内。众人为此决心前去寻找鹰族，揭开希望凤凰的神秘面纱。在鹰族密境中，蹦蹦兔重遇了鹰小宝，并在鹰小宝口中得知，东方城的萌能量连同鹰族之宝——神灵宝珠已经被夺走了，而罪魁祸首竟是鹰小宝的哥哥鹰大宝。蹦蹦兔众人带着众多的疑问，前往所有秘密的中心——“圣树遗迹”。最终，在圣树遗迹遇到了鹰大宝，并化解了鹰大宝和鹰小宝两人的误会。此时众人方知，盗走萌能量的并不是鹰大宝，而是黑焰龙，而且鹰大宝是为了保护神灵宝珠，才偷偷把它藏起来了。为了保护神灵宝珠，蹦蹦兔众人随鹰大宝赶回西华都，却不料替大宝藏起宝珠的兔警长已被黑焰龙抓起。蹦蹦兔无办法之下，只好拿宝珠前去救兔警长。在争夺宝珠的过程中，蹦蹦兔和智智龟无意触动了宝珠的咒文，终于成功超萌变，并暂时击退了黑焰龙。至此，蹦蹦兔众人终于得知黑焰龙手中竟有一块凤凰石，正四处吸收各大区域的萌能量。黑焰龙的阴谋慢慢浮出水面，蹦蹦兔众人能否阻止他呢？
《蹦蹦兔快跑》的剧情日渐白热化，蹦蹦兔和反派势力的斗争也在继续，小伙伴们请锁定酷酷跑！